亞曆山大裡亞大主教提奧菲盧斯在背後操控教會的陰謀活動，他是一個活動積極而又喜愛權術的高階教士，不斷誇耀自己巧取豪奪的豐碩成果。君士坦丁堡的地位不斷提高，使得亞曆山大裡亞在基督世界從排名第二降到第三，因而產生民族敵視情緒，在他與克利索斯托的爭吵中更形加劇。（我故意略而不提這些在埃及僧侶之間發生的爭論，像是有關奧利金教義和擬人論的問題；還有提奧菲盧斯的欺騙和暴力行為，運用手腕操控頭腦簡單的埃皮法尼烏斯，他那身材高大的弟兄受到迫害不得不逃走；以及這些僧侶在君士坦丁堡從克利索斯托那裡獲得並不穩靠的支持。）提奧菲盧斯受到皇後的私人邀請，在君士坦丁堡登岸時帶著一大批強健的埃及船員，要是遭遇到群眾的拒止可以壯大聲勢。還有一群主教追隨在旁，用來確保宗教會議獲得多數的表決。宗教會議（佛提烏保存橡樹園宗教會議的原始提案，用來對付錯誤的主張和行為。克利索斯托至少受到36位主教的譴責，其中有29位是埃及人，對他的判決書上有45位主教簽名同意。）在卡爾西頓郊區稱為橡樹園的地方舉行（403 A.D.），魯菲努斯在此建造了一所莊嚴宏偉的教堂和修道院，議程一共進行了14天。一個主教和一個輔祭公開指控君士坦丁堡大主教，提出47項無關緊要而且捕風捉影的反對意見，聽來像是立場公正而且無須辯駁的頌揚。會議接著四次指名召喚克利索斯托到會，他仍舊加以拒絕，認為自己要是落在勢不兩立的敵人手中，個人和名譽都無安全可言。於是提奧菲盧斯這批敵人，很機智地避開了具體的指控，轉而譴責他態度傲慢拒不服從教會的命令，很倉促地公開宣判免去他的職務。橡樹園會議立即谘文呈報皇帝，請求批準和執行他們的判決，同時暗示，這個膽大包天的傳教士曾經辱罵優多克西婭皇後是耶洗彆，完全可以治以叛國罪。大主教不容辯駁罪狀就遭到逮捕，在一個皇家公差押解下穿過城市，經過很短的一段航程到達黑海入海口上岸，不過兩天工夫就被光榮召喚地回去。君士坦丁堡的人民都忠於克利索斯托大主教，開始時隻是對大主教的免職感到十分驚異，表示出沉默的抗議，突然之間全城一致爆發不可抗拒的狂怒。提奧菲盧斯趕快逃走，但是那群僧侶和埃及船員組成的烏合之眾，被毫無惻隱之心的民眾殺死在君士坦丁堡街頭。（帕拉狄烏斯承認，若君士坦丁堡的民眾找到提奧菲盧斯，定會把他丟進大海。蘇格拉底提到暴民和亞曆山大裡亞的水手發生打鬥，多人受傷及失蹤。隻有異教徒佐西穆斯提及僧侶的屠殺，他認為克利索斯托有特殊才能，能領導不識字的群眾。）接著發生的一場地震說明天意，暴亂的人潮衝向皇宮的大門，皇後感到恐懼和悔恨，跪倒在阿爾卡狄烏斯腳前，承認隻有恢複克利索斯托的職位，才能換取公眾的安寧。博斯普魯斯海峽布滿數不儘的船隻，歐洲和亞洲的海岸到處張燈結彩，從港口一直到主座教堂，大主教在人民的勝利歡呼聲中凱旋。他不等另一次宗教會議行使職權，合法修正原來錯誤的判決，就很輕易地同意了恢複原來的職務。克利索斯托完全忽略了對手的實力，根本不在意懸在頭上的危險，還是任由宗教的熱情和憤怒的個性一意孤行，特彆是對婦女的罪惡提出了嚴苛的控訴，幾乎等於是在聖索菲亞教堂裡對著皇後的雕像，宣告她那些褻瀆神明的作為。他那極為不謹的言行使敵人得以向優多克西婭報告，或是故意捏造著名講道辭的開頭一段話，讓個性倨傲的皇後大為光火：“希羅底又在發怒!希羅底又在跳舞!她又在要約翰的頭顱。”對於一個女人，同時是一個統治者的人來說，這根本不可能獲得她的饒恕。皇後在很短一段時間內裝出一副休戰的態度，其實隻是為了商議出最有效的辦法，使大主教在受儘羞辱後絕滅。人數眾多的東部高級教士代表大會在提奧菲盧斯的遙控之下，經過他的指使和授意，絲毫不能保持公正的立場，他們肯定了上次的判決完全合法有效。一支蠻族分遣部隊開進城市，用來鎮壓人民的反抗情緒。在複活節前夕的守夜大典中，莊嚴的洗禮被士兵的粗暴行為所中斷，赤身裸體的入教會眾感到羞怯而驚慌不已，基督教的神秘施洗儀式因外人的闖入而受到破壞。阿爾薩修斯占領聖索菲亞教堂和大主教的寶座，正統基督徒隻有撤退到君士坦丁堡幾個浴場，後來離開城市去到野外，仍然受到警衛、主教和官員的追捕和淩辱。在克利索斯托第二次也是最後遭到放逐的苦難日子（公元404年6月20日），主座教堂、元老院大廳和鄰近的建築物燃起一場大火。一般人認為這場災難的發生，是受迫害的教派在絕望下的反抗行動，雖無實據卻有此可能。（我們認為這自然是佐西穆斯的指控，但是值得注意之處，蘇格拉底和帕斯加爾《編年史》都肯定是正統基督徒下的毒手。）設若西塞羅自願放逐以維持共和國和平，一定會被認為功在社稷，（西塞羅用一個演說家和政治家的語氣，表示出這種似是而非的動機。）但克利索斯托的降服，卻是身為基督徒和臣民無可規避的責任。心存報複之念的皇後不願接受他卑躬屈膝的請求，拒絕讓他到西濟庫斯或尼柯米底亞去定居，堅持要以小亞美尼亞遙遠而荒涼的庫庫蘇斯為放逐地。那個市鎮位於塔魯斯山區的一條山脊上，她暗地裡懷有惡毒的念頭，大主教在炎熱的夏季穿越小亞細亞幾個行省，一共有70天艱難而危險的行程，會遭到伊索裡亞人的攻擊。他們對僧侶抱著無法化解的仇恨，處於這種內外交迫的威脅下，必將置克利索斯托於死地。然而他最終還是安全到達了拘禁地點，在庫庫蘇斯和附近的阿拉比蘇斯度過了3年，這是他一生中最光輝燦爛的日子。他的品格因未居高位和受到迫害而被神化，人們不記得他在職時的缺失，異口同聲推崇他的才華和德行。整個基督教世界都用尊敬的眼光注視著塔魯斯山區那塊寂靜的沙漠。大主教受到不幸遭遇的刺激使得心靈更為活躍，在隔絕的環境與最遙遠的行省保持著嚴肅而密切的通信。（克利索斯托還有242封書信傳世，這些信寫給各種不同的對象，表現出堅忍不拔的毅力。西塞羅遭到放逐以後怨天尤人，實在難以望其項背。在第十四封信裡，特彆提到在旅途所遭遇的危險。）對於分散在各地的會眾及忠實的追隨者，他教誨他們要堅持自己的信念，催促他們拆除腓尼基的廟宇，根絕塞浦路斯島的異端，擴展教區工作，向波斯和西徐亞傳播福音。經由他派出的使臣與羅馬教皇和霍諾留皇帝進行談判，從不公正的宗教會議大膽上訴，一直上訴到主張自由權利的全國大會所指定的最高審判法庭。九九藏書網聲名顯赫的流犯仍保持獨立奔放的心靈，但被監禁的身體卻任由壓迫者報複。他們濫用阿爾卡狄烏斯的名義和權威（克利索斯托被放逐以後，提奧菲盧斯刊行了一本篇幅冗長內容惡毒的作品，用文雅的詞句不斷對他發起攻擊，說約翰·克利索斯托的靈魂裡摻雜著魔鬼的思想，不僅罪有應得，還要受到更嚴厲的懲罰。聖傑羅姆在他的朋友提奧菲盧斯請求之下，把這本“有益世道人心”的作品，從希臘文翻譯為拉丁文。），下了一道命令，立即要把克利索斯托從當地遷到皮提烏斯最遙遠的沙漠。他的守衛忠實執行無比殘酷的迫害，使得他還未抵達黑海的海岸，就在本都的科馬納去世，享年60歲（公元407年9月14日）。後代人士都承認他的清白無辜，讚許他的功業德行。東部的大主教為他們的前任過去曾與克利索斯托為敵而感到無比的羞愧。羅馬教皇下定決心恢複死者的名譽，陸續將這批人全部免去聖職。（克利索斯托的繼任者阿提庫斯，在公元418年將克利索斯托的名字鑲嵌在君士坦丁堡大教堂的彩色窗戶上，過了10年他被尊為聖徒。西裡爾繼承他叔叔提奧菲盧斯的職務，迫於形勢也隻有屈服。）他過世30年以後（公元438年1月27日），在君士坦丁堡教士和人民的懇求下，遺骨從偏僻的墓地被運送到帝國的都城。（這件事使聖約翰修會能夠與主教的繼任者重歸舊好，他們過去一直不願承認主教職務的繼任者。在克利索斯托的一生中，聖約翰修會實施正統的領受聖餐儀式，受到天主教徒的尊敬，但是他們過於固執，瀕臨與教會分裂的邊緣。）狄奧多西二世前往卡爾西頓親自迎靈，以他有罪雙親阿爾卡狄烏斯和優多克西婭的名義，俯伏在棺木上懇求受害的聖徒給予寬恕。（根據有些記載，說是受到尊敬的聖徒遺體從科馬納遷出前，皇帝被迫寫信去邀請並且表示歉意。）