卻說萬曆三十一年（1603年）臘月在刑部的讞審中，紫柏遭受了杖擊與竹篦的酷刑，但他毫不屈服。法官在權貴的授意下，必欲置紫柏於死地。四天之後，法官再將紫柏帶到刑堂，當麵宣讀罪狀並判定刑期。至於是何樣的刑期，史載不詳，但決不會太輕。明代對詔獄的犯人，被判有罪的，最重是殺頭，99ｌiｂ?最輕的也是蠻瘴地區充軍，並終身不赦。宣判的頭一天，紫柏似乎已經知道了結果，因為他寫了一首《十四日聞擬罪偈》：從這首偈中，看出紫柏在大難臨頭時心情的平靜，而且可以肯定地說，他做好了接受一切後果的精神準備。當夜，他還寫了一首七絕《憶卓老》：卓老即明末另一位思想狂人李卓吾。此老在張居正當政時，曾當過三年的大理知府，茲後就拋家彆子，雲水天涯，過著半俗半僧的生活。晚年定居湖北麻城十八年，後遭人詬害，在北京通州被逮，卓吾不肯認罪，遂在獄中自殺。他的《焚書》《續焚書》兩部書，是明朝重要的思想文獻。紫柏在李卓吾自殺後的一年同樣在北京被逮。惺惺相惜，此時的紫柏寫詩懷念李卓吾，其心境完全可以理解。李卓吾並未真正地剃度，但在麻城卻一直住在庵寺中，過著出家人的生活。他收了不少女弟子，這一點，引起僧俗兩眾的反感，也讓恨他的人抓到了把柄。所以，他到死也是一個爭議很大的人。紫柏卻很欣賞並同情他，僅從這一點看，紫柏的慈悲已達到了無纖塵的境界。當法司定罪的第二天，紫柏便做出驚人的決定，他要在牢房中坐化。當他的幾位弟子聞訊趕來，他已沐浴更衣，坐定在蒲團，麵對追隨他的弟子，他從容念出九首偈，因這是紫柏的臨終文字，故在此全部錄出。偈詩九首，是一個不可分割的整體，從中可以看出紫柏疾惡如仇的性情，了脫生死的態度，去來無礙的禪風。大約法司給紫柏定罪，很重要的一條是“鼓動民眾反抗朝廷”，故偈詩中有“儘稱達老鼓風波”的句子。對此，紫柏是不承認的。所以，他以死來抗爭。臘月十六日，離除夕不到半個月。不堪受辱的紫柏，決計不肯在人間多待一天，自從參透禪關，修成金剛不壞的法身之後，生死的界限早已被紫柏打破。這個世間若能住就多住一些時候，不能住即刻就可以離開。紫柏念完偈語後，就坐在蒲團上微閉雙眼，在弟子們靜靜地注視下，他從容地坐化。這一年，他剛好六十歲。